网上交易商品，不仅需要大量的的数据处理，还需要保证数据信息的安全性，在功能上也要满足商业流程。电子商务交易网站和一般的web网站相比，电子商务网站对数据处理、数据传输以及数据流程方面的要求更高，其处理也更为复杂。因此，对于电子商务网站的设计，必须保证其系统的可靠性、安全性、经济性、可拓展性、先进性以及开放性。其次，要站在用户的角度进行分析。电子商务网站是企业和各种商品机构开展电子商务的基础设施和信息平台，是各种服务对象之间的交互界面，也是电子商务系统的承担者和表现者。站在用户的角度来设计网站，可以保证电子商务网站的易用性。
关于电子商务网站的设计，是一项复杂的系统工程，需要企业对各项业务流程进行整合，并将外部信息集成，是一个对网络信息资源组织、开发以及利用的综合过程，无论是在商务层面上，还是在设计开发的技术层面上，都面对着诸多的理由。　一般来说，电子商务主要有两种模式，一种是企业对企业模式，即我们常说的b2b模式，另外一种模式就是消费者模式，即b2c模式。企业在实际的操作过程中，一般都是将两种模式结合使用，因此，在对模式进行设计的过程中，需要根据企业的实际需要进行设计。
在分析客户和企业需求的基础上，还要对商务网站的设目标、业务流程等进行详尽的了解很分析，明确系统是否能够满足客户的需求，从而确定目标系统的功能设计。一般来说，对于电子商务网站需要满足以下几个功能：第一、企业的形象宣传，第二、产品和服务项目展示，第三、商品和服务 ，第四、转账与支付、运输，第五、信息搜索与查询，除此以外，还要有客户信息管理模块、销售业务信息管理模块以及新闻发布、供求信息发布等模块。
关于电子商务的结构设计，目前有多种类型，可以分为三层，第一层为表现层，第二层为商务层，第三层为数据层。对于电子商务网站的管理，包含多个方面的内容，其管理质量的高低，直接关系到了商务电子网站的正常运转和运转的安全性，因此，应该对电子商务系统管理引起重视。总的来说，电子商务网站管理主要包含以下几个部分：
第一、系统管理。系统管理主要就是对系统中的软件管理、硬件管理、文件传输管理、电子邮件系统管理、支付系统管理、数据库系统管理等。第二、应用管理。所谓的应用管理，主要指的是对实现网站功能的软件进行管理，包括个性化服务管理，购物车管理以及聊天室管理等主要内容。
第三、内容管理。内容管理主要指的就是集约业务的管理。网站内容管理是电子商务网站管理的核心内容，是确保电子商务网站有效运转的基本手手段。其包含了在线购物管理、在线支持管理以及客户信息管理等内容。第四、安全管理。安全管理主要负责的就是针对网站中的安全威胁因素采取有效的管理措施，解决网站系统中的安全理由，确保系统运转的安全性。主要包括网络安全管理、应用安全管理以及数据库安全管理三个方面的内容。